SMAN 13 Samarinda mengalami beberapa perubahan struktur organisasi sejak bulan Januari 2026. Perubahan utama terjadi pada posisi Kepala Sekolah yang kini diisi oleh Ibu Dra. Haji Nutrhayati, M.Ed. menggantikan Bapak Jarnuji Umar, M.Pd. yang berpindah tugas ke SMAN 6 Samarinda. Kemudian Komite Sekolah juga mengalami perubahan dan diisi oleh Ibu Dewi Riski Rusmana, S,Pd. Beberapa posisi lain tidak mengalami perubahan secara besar walaupun ada detil detil posisi yang mengalami perubahan dari periode sebelumnya.